El 10 de Agosto de 2010 a.t.b, el Sacro Imperio de Britannia sobrepasó a las fuerzas japonesas y conquistó el país en menos de un mes, haciendo uso de sus armas robóticas, los Knightmare Frames. Japón perdió su libertad y derechos, y pasó a ser llamada "Area 11 (eleven)". Sus habitantes, ahora llamados "Elevens" fueron obligados a sobrevivir en ghettos. Sin embargo aún persisten grupos que se resisten y luchan contra el Imperio por la independencia de Japón.

Luego de que su padre, el Emperador de Britannia, no hiciese nada para atrapar a los terroristas que asesinaron a su madre y lisiaron a su hermana, un niño llamado Lelouch juró destruir Britannia. Siete años más tarde en el Área 11 conoce a una misteriosa chica, con la que realiza un contrato a cambio de un poder llamado "Geass". Con él, Lelouch finalmente tiene el poder que necesita para derrotar a Britannia y realizar sus dos deseos: vengar a su madre y construir un mundo en el que su amada hermana pueda vivir feliz.